O Comité Executivo é o órgano de xestión do Consorcio. Presidido polo Delegado do Estado e formado por cinco vogais elixidos, entre os membros do Pleno, e dous vogais natos, reúnese mensualmente para xestionar, administrar e dirixir as obras e servizos da Zona Franca. De todos os seus acordos dáse conta periodicamente ao Pleno.
