El Pleno es el máximo órgano de gobierno del Consorcio de la Zona Franca. Formado por todos los representantes de las distintas instituciones que lo conforman, tiene entre sus facultades, aprobar los presupuestos del año entrante, las cuentas del ejercicio saliente y todas aquellas compras o enajenaciones de los bienes inmuebles. Como mínimo, y bajo la presidencia de la persona que ocupe la Alcaldía de la ciudad, se reúne cuatro veces al año. De entre sus miembros se eligen las personas que formarán el Comité Ejecutivo.