El Comité Ejecutivo es el órgano de gestión del Consorcio. Presidido por el Delegado del Estado y formado por cinco vocales elegidos, entre los miembros del Pleno, y dos vocales natos, se reúne mensualmente para gestionar, administrar y dirigir las obras y servicios de la Zona Franca. De todos sus acuerdos se da cuenta periódicamente al Pleno.